モデル・開発
オープンサイエンスが次のパンデミックへの研究準備をどう支援できるか
原題: How Open Science Can Help Researchers Prepare for the Next Pandemic
ウイルスタンパク質複合体の予測構造を公開
NVIDIAは9月24日、Google DeepMindやEMBL-EBIなどとの共同プロジェクトによるオープンデータセットを発表しました。
2,800を超えるウイルスが持つタンパク質複合体の予測3D構造を収録しています。
データセットはAlphaFold Databaseを通じて、研究者が公開利用できます。
構造予測にはGoogle DeepMindのAlphaFold2を使用しました。
NVIDIA BioNeMo Inference Runtimeによる最適化で、数千のウイルスプロテオームへ推論を拡大しました。
各予測構造には信頼度が付与され、複合体の形状やタンパク質間相互作用の研究に利用できます。
対象には研究例が少ないウイルスも含まれています。
NVIDIAは、データセット生成に使ったBioNeMo Structure Prediction Pipelineも公開しました。
研究者は同じGPU対応ワークフローを使い、独自のタンパク質配列から予測3D構造を生成できます。
公開構造は実験で確定した構造ではなく、AlphaFold2による予測結果です。
研究成果や有効性に関する説明は共同組織の発表で、独立評価の結果ではありません。