パッケージ本体から顧客別にブランチして開発する場合でも、共通ルール用の .github を submodule として切り出すと、ルールだけを横断管理しやすくなります。

実際の開発では、WBSとして作業単位に分解しますが、チーム開発では更に Task/Bug 化して、依存関係、担当者、作業グループ、完了条件 などを Work Item として管理します。

各 Task/Bug には担当者が割り当て済みであることを前提として、自分に割り当てられている Work Item から着手可能な先頭タスクを確認して作業を指示します。
また、着手時や完了後のステータスや関連コミットも合わせて管理します。